De drievoudige major-kampioen eindigde met 23 onder par een slag voor titelverdediger Andy Sullivan die ook 65 maakte in de slotronde op Victoria Clube de Golfe.
Het is Harringtons 15de zege op de European Tour maar zijn eerste zege in acht jaar. Zijn laatste overwinning was in een major: het US PGA Championship van 2008.
De Deen Anders Hansen en de Fin Mikko Korhonen werden derde. Thomas Pieters werd gedeeld 31ste en Nicolas Colsaerts gedeeld 51ste.
Korhonen begon de week als nummer 116 in de Race to Dubai. Hij moest na de Portugal Masters in de top-111 van de jaarranglijst staan om zijn kaart voor de European Tour te behouden en dat is gelukt.
Jason Scrivener en Oliver Fisher - begin deze week nr 113 en nr 114, hebben ook hun kaart behouden. Craig Lee en Eddie Pepperell zijn uit de top-111 gevallen.
Padraig Harrington was voor de Portugal Masters nummer 96 in de Race to Dubai, Met 333.330 euro er bij is hij nu nummer 43.
Joost Luiten komt volgende week in het WGC - HSBC Champions weer in actie. Hij is nu 14de in de Race to Dubai, vorige week was hij nummer 13.
Updated #RaceToDubai rankings. The top 111 have secured their Tour card for 2017 📊 pic.twitter.com/HgUa7C0x3O
— The European Tour (@EuropeanTour) October 23, 2016
Final leaderboard:
— The European Tour (@EuropeanTour) October 23, 2016
-23 Harrington
-22 Sullivan
-21 Hansen
-21 Korhonen
-20 Rock
-20 Lipsky
-20 Paisley
-20 Lawriehttps://t.co/cTqYmVsPo2 pic.twitter.com/tbBjXOZwdo