De Nederlander werd met een laatste ronde in 72 (+1) slagen gedeeld negende.
Nadat hij met birdies op de eerste en zesde hole van Cleydael de leiding even deelde, veranderde het beeld voor Van der Vaart drastisch toen hij met twee bogeys (op 7 en 9) flink wegzakte in het klassement.
Ondertussen doken meerdere spelers ruim onder par en was het voor Van der Vaart - die in de laatste groep speelde - vechten om enigszins bij te blijven en in de top-10 te eindigen.
De birdie op de tiende hielp, maar met bogeys op 12 en 14 was Van der Vaart zoals hij zelf omschreef weer 'terug bij af' en zat er met een aantal pars in het slot niet meer in dan een gedeeld negende plaats.
Van der Vaart blijft met dit resultaat 24ste in de Road to Oman, de jaarranglijst van de Challenge Tour.
Daan Huizing klom op de laatste dag met een 68 (-3) zes plaatsen naar de 28ste plaats. De Soestenaar begon goed aan de KPMG Trophy maar wist zijn positie in de top niet vast te houden. De zeven overige Nederlanders misten de cut.
De zege ging naar Simon Forsstrom. De Zweed speelde een indrukwekkende ronde in 64 slagen en claimde de overwinning met een totaal van -20, twee slagen beter dan de nummer twee, Steven Tiley.
Lokale held Thomas Detry werd knap zesde in zijn eerste optreden als professional.
Well done Thomas Detry. This birdies at the last means he finishes the #KPMGTrophy 14 under par. pic.twitter.com/g6RVybontO
— Challenge Tour (@Challenge_Tour) 12 juni 2016
WINNER!
— Challenge Tour (@Challenge_Tour) 12 juni 2016
Simon Forsstrom is the 2016 #KPMGTrophy champion. pic.twitter.com/Hze687vcxs
🎥 Highlights from the final round of the #KPMGTrophyhttps://t.co/2MfITUYuWm
— Challenge Tour (@Challenge_Tour) June 12, 2016